Häuser und kam sodann um die Genehmigung zu dem Plane ein. Der Grundstein wurde am 16. Mai 1733 unter großem Volkszulauf durch den Kurprinzen Maximilian Josef gelegt. Forster erzählt über den Verlauf des Baues: "Von allen Seiten flossen reichliche Gaben zum Kirchenbau und am 24. Januar 1735 erhielt Egyd Asam vom Ordinariate Freising die Erlaubniß, so lange der Kirchenbau dauern würde, das Geld von den Opferstöcken zur Tilgung der aufgenommenen Baugelder verwenden zu dürfen.
Um nichts zu versäumen, was zur Beförderung und Ausführung ihres Vorhabens nöthig war, suchten die Brüder mittlerweile auch Meßstiftungen zu erhalten, von denen ihnen auch einige zugesagt wurden. Bei dieser Gelegenheit kamen sie auch zum ersten Male mit dem fürstbischöflich freisingischen geistlichen Rath Dr. Philipp Franz Lindmayr in Berührung. Dies war ganz der Mann, der sie verstand und denselben brennenden Eifer für die Ehre Gottes und das Heil des Nächsten in der Brust trug. Schnell entwarfen sie den Plan, die neue Kirche mit einem Hause für Weltpriester zu verbinden, welche die Seelsorge für diesen Stadttheil übernehmen sollten. Sie machten nun gemeinschaftliche Schritte zur Verwirklichung dieses Planes. Und es war höchste Zeit - denn bereits wurde von Seite verschiedener Orden: der Dominikaner in Landshut, der Karmeliter in Straubing, der Benediktiner in Benediktbeuren und namentlich der Serviten alles Mögliche versucht, an der neuen Kirche ein Kloster gründen zu dürfen. Dr. Lindmayr erwirkte aber von geistlicher und weltlicher Seite die Erlaubniß zur Errichtung eines Hauses für Weltpriester. In dem kurfürstlichen Dekrete vom 19. Juni 1733 heißt es: "daß, weilen die hiesige Stadt ohnehin mit Klöstern übersetzt, Wir wiederum Andere zu introduciren für unthunlich finden". Auch zur Ausführung dieses Planes boten die Gebrüder Asam ihre hilfreiche Hand. -Sie überließen das Haus nächst an der neuen Kirche, welches Cosmas Damian, der Maler, unlängst von der Oberstwachtmeisterswittwe Maria Anna Soyer von Schorn, geborenen von Armansberg, um 5530 fl. erkauft hatte, zu diesem Zwecke dem Dr. Lindmayr. Mittlerweile beschleunigte Egyd Asam mit Beihilfe seines Bruders Cosmas, der einstweilen alle seine auswärtigen Arbeiten sistirte, dergestalt den Bau, daß das Gotteshaus bis gegen Ende des Monats Dezember 1734 soweit hergestellt war, daß es von dem damaligen Dechant von St. Peter, Herrn Anton Cajetan von Unertl, unter Begleitung der Chor- und Pfarrgeistlichkeit am 24. Dezember 1734 früh Morgens zwischen 8 und 9 Uhr bei einer zahlreichen Menge Volkes mit der Gruft benedizirt und von Dr. Franz Philipp Lindmayr als erstem Priesterhausdirektor mit den Kuraten Daniel Lichtenfurtner, Paulus Trattzicher, Benno Suttor und Paulus Seiz am nämlichen Tage Abends um 5 Uhr das neu errichtete Priesterhaus bezogen wurde. In der hl. Christnacht las der Direktor zum ersten Male die hl. Messe und stimmte mit jubelndem Herzen das Gloria an, das sich bei diesem Kirchenbau so glänzend bewährte.
Eine Reihe von schönen und erhebenden Festen sah die Kirche des heiligen Johannes von Nepomuk feiern. Da war es am 1. Mai 1746 die feierliche Einweihung der Kirche durch den Weihbischof von Freising, Johann Ferdinand Joseph Baron von Pödigkeim. Ein zahlreicher Klerus assistirte. Schaaren gläubigen Volkes füllten die Kirche und weithin die Straße hinaus außer dem Gotteshause.