Doch auch gar ernste Töne drangen schon in jene Zeit des Glanzes und der Pracht.
Die "Gegenreformation" erhob ihre blutige Faust - Einkerkerungen, Hinrichtungen waren an der Tagesordnung; ein Denunziantenthum war in München groß geworden, das den Abscheu aller besser Denkenden erregte.
Für München brachten die gegenreformatorischen Bestrebungen etwas Besonderes: die Einwanderung der Jesuiten, dieses speziellen Kampfordens gegen das Lutherthum Sie waren die besonderen Schützlinge Wilhelms V., der ihnen zuerst Wohnung in München gab und ihnen dann endlich gar die schöne Michaelskirche und das große, geräumige Kollegium nebenan baute. (Über die Geschichte dieses Bauwerkes finden die Leser Näheres unter "Münchener Kirchengeschichte".)
Um den von ihm so hochverehrten Jesuiten möglichst nahe zu sein, erbaute er sich hinter dem Kollegium eigens eine neue Burg, die er selbst Wilhelmsburg hieß und die heute den Namen Maxburg trägt.
Nach dem Rücktritt von der Regierung (1597) erbaute er noch ein Haus für Pilgrime, das Spital zum hl. Rochus, nebst einer Kirche und stattete diese mit zwei Beneficien aus. Dieses Spital bestand bis in das 18. Jahrhundert, solange das "Pilgrim"-Wesen eben öffentliche Unterstützung fand. Im Jahre 1789 wurde es endlich verkauft, nachdem es vorher schon lange leer gestanden. Die Kirche wurde zu Anfang des 19. Jahrhunderts abgebrochen.
Die von Wilhelm V. erbaute neue Residenz. (Heute Herzog Max-Burg)