Fürsprache des Frhrn. v. Kreittmayr verhindert, allein ihre Satzungen erlitten eine Umgestaltung und ihr Umfang wurde durch eine neue Klasse der schönen Wissenschaften vergrößert. Diese dritte belletristische Klasse, welche der Académie Française nachgebildet war, fristete nur ein kurzes und kümmerliches Dasein. Es fehlte ihr an hervorragenden geistigen Kräften und an einem greifbaren Material für wissenschaftliche Forschung.
Hatte die Akademie durch die Errichtung der belletristischen Klasse, welche schon 1784 wieder aufgehoben wurde, keine innere Verstärkung gewonnen, so erhielt sie auch aus der großen Schaar von Höflingen, Beamten und Offizieren, welche bei dem Regierungsantritt Karl Theodors München überflutheten, keinen nennenswerthen geistigen Zuwachs. Es trat eine Periode der Entmuthigung und Erschlaffung ein. Mehrere Jahre lang wurde kein neues Mitglied erwählt. Die Furcht vor Denunziation rief gegenseitiges Mißtrauen hervor; einzelne vom Hof begünstigte Mitglieder, wie der berüchtigte Lippert, übten eine eiserne Zensur über die Leistungen und Äußerungen ihrer Kollegen aus. Man hütete sich darum, über irgend einen Gegenstand zu reden oder zu schreiben, dessen Behandlung auch nur im Entferntesten Veranlassung zu einer mißliebigen Auffassung geben konnte. Die Akademie und insbesondere die historische Klasse glich nach einem treffenden Vergleich Döllingers einem Vogel unter der Glasglocke, dem man die Luft auspumpt. Um dem Verdacht zu entgehen, zu den Geheimbündlern und Illuminaten zu gehören und der Zensur zu verfallen, beschränkte man sich auf Abhandlungen über Gründungen von Klöstern, Genealogie von Adelsgeschlechtern, Münchener Stadtgeschichte, Römerstraßen, römische Denkmäler, Hügelgräber und derartige unverfängliche Gegenstände. Von 1799 bis 1807 stellte die historische Klasse ihre Publikationen sogar gänzlich ein.
Besser stand es um die philosophische Klasse. Hier waren der kurfürstliche Geh. Kabinetssekretär Stephan Frhr. v. Stengel, ein Mann von allgemeinster Bildung und staatsmännischem Blick, der vielseitige, uneigennützige, praktisch und wissenschaftlich gleichmäßig hochbegabte Utzschneider, der rastlose Polyhistor Franz Paula v. Schrank, der Meteorologe Epp, der geniale, thatkräftige Graf Rumford und Mathias Flurl, der Reformator des bayerischen Berg-, Hütten- und Salinenwesens und der Begründer der Geologie in Bayern, thätig.
Mit dem Regierungsantritt des Kurfürsten und nachmaligen Königs Maximilian Joseph, dem Ahnen der jetzt regierenden Linie des Wittelsbacher Hauses, trat eine glückliche Wendung in der Geschichte der Akademie ein. Neues Leben regte sich in der entmuthigten Körperschaft und frohe Hoffnung schwellte die Herzen ihrer unerschrockenen Führer.
Am 1. März 1807 unterzeichnete der König eine vom Minister Grafen von Montgelas abgefaßte neue Konstitutionsurkunde. Die Akademie wird darin zu einer königlichen Zentralstelle erklärt und als ihr Zweck nicht nur die Erforschung neuer Resultate im Gebiet der Wissenschaft bezeichnet, sondern auch auf die Ergiebigmachung und Anwendung wissenschaftlicher Ergebnisse zum Vortheil des Staates besonderes Gewicht gelegt.
Nach den verschiedenen Forschungsgebieten wurden drei Klassen errichtet: eine philologisch-philosophische, eine mathematisch-naturwissenschaftliche und eine historische.